论文查重软件通常支持多种文件格式，以满足用户的需求。常见的文件格式包括Word文档（.doc、.docx）、PDF、纯文本（.txt）、RTF等。其中，Word文档是最常见的格式之一，因为它在学术界和商业环境中被广泛使用。PDF格式也很受欢迎，因为它可以保持文档的原始格式，防止篡改。纯文本格式适用于那些不需要格式化的文档，它们通常用于简单的文本编辑和处理。RTF（富文本格式）是一种可以保存文本格式和图像的文件格式，也常被一些查重软件支持。

除了常见的文档格式外，一些论文查重软件还支持更多的文件格式，如HTML、PPT、LaTeX等。HTML格式适用于网页内容的查重，而PPT则适用于演示文稿的查重。LaTeX是一种专业的排版系统，通常用于科技论文的撰写，一些高级的查重软件也支持这种格式。总的来说，论文查重软件支持的文件格式多种多样，用户可以根据自己的需求选择合适的格式来确保查重的准确性。